Этот вопрос задает каждый, кто более-менее знаком с основами SEO. Он до сих пор актуален. С точки зрения поискового продвижения ссылка на саму себя не приветствуется. Когда робот сканирует страницу он видит все ссылки на ней, и из-за присутствия циклической ссылки другие ссылки недополучат свой ссылочный вес. Вывод - надо избавляться от таких ссылок.

Как удалить последнюю ссылку в хлебных крошках?

В opencart хлебные крошки генерируют ссылку на саму себя. Для их удаления открываем шаблон страницы к примеру категории catalog/view/theme/default/template/product/category.tpl и код

  <ul class="breadcrumb">
    <?php foreach ($breadcrumbs as $breadcrumb) { ?>
    <li><a href="<?php echo $breadcrumb['href']; ?>"><?php echo $breadcrumb['text']; ?></a></li>
    <?php } ?>
  </ul>

меняем на этот

  <ul class="breadcrumb">
    <?php $i = 1; foreach ($breadcrumbs as $breadcrumb) { ?>
      <?php if($i == count($breadcrumbs)){ ?>
        <li><?php echo $breadcrumb['text']; ?></li>
      <?php }else{ ?>
        <li><a href="<?php echo $breadcrumb['href']; ?>"><?php echo $breadcrumb['text']; ?></a></li>
      <?php } ?>
    <?php $i++; } ?>
  </ul>

После этих манипуляций у нас ссылка на последний элемент (на текущую страницу) будет отсутствовать.

Какую же настройку выбрать в модуле MicrodataPro - размечать последнюю ссылку в хлебных крошках или нет?

Ясного ответа пока что нет т.к. нет данных как влияет пусть к страницу с учетом циклической ссылки или без нее. Но однозначно можно сказать  что ничего плохого в том что микроразметка размечает последнюю ссылку нет.

Владельцам магазинов я бы посоветовал попробовать разные варианты и посмотреть как будет лучше.